「リーグ優勝」は各リーグが発行するタイトル。対象はリーグに所属する6チームで、年間成績1位が獲得。

「日本一」（日本シリーズ優勝）はNPBが発行するタイトルで、対象は各リーグの3位以上、計6チーム。
シーズン終了後、年間順位に応じたシード権とアドバンテージを設けた変則トーナメントを行い、最終勝者が獲得。

なんの矛盾も問題も無い。