ハムは過去にもこういうことやってるから
選手のことなんか何も考えてないよ

2009年
11月9日に「新しい場所で成長したい」として移籍を前提としたFA権の行使を表明した。
阪神・広島が興味を示したものの具体的なオファーはなく、日本ハムも再契約を否定したことで、
一時は所属先がないまま来季を迎える可能性もあったが[5]、12月8日に巨人への入団が決定した。背番号は99。

しかし「新しい場所で成長したい」という理由でFA権を行使したのは表向きの理由であり、実際には藤井は日本シリーズ第5戦から3日後に戦力外通告を受けており、
球団から「クビだとイメージが悪いから、FAしたことにしといてやる」と言われ仕方なくFA権を行使し「北海道を裏切ったみたいになってツラかった…」と、藤井は引退後に明かした[7]。