ん〜、そのために前述したようにサーマルブランケットで覆っているんぢゃないでしょうか。
たいていの場合は内部に機器の熱源があるので温度が上がりすぎないように放熱を考えなければならないくらいですが、
この場合のようにミッションの性質上深宇宙で長時間待機状態を保つという場合にはご指摘のように冷えも考慮する必要性はありますね。
冷えて特に問題になるのは、バッテリーやスラスタの燃料ですね。

それでも、冷え過ぎるのなら熱設計の段階でわかっていますから、ヒーターを取り付けるなりなんなりすればいいわけです。
ヒーターだって電力を使いますが、そのための長寿命のRTGですし、RTG低温側からも熱は放出されますからそのまま捨てずに窓を閉めるなどで内部の昇温に利用することもできるでしょう。
ずっとヒーターをONにしておくのに抵抗があるのであれば、熱源用にラジオアイソトープを別途搭載するという方法もあります。
火星探査機のパスファインダーは１Wの熱源として２．６ｇのプルトニウムを搭載していました。