もちろんこの時もきちんと計算すれば
船の速度は石を発射するごとにリニアに増えていき、
運動エネルギーは船の速さの自乗に従って増えることは容易に求まります。
ですが、石を発射するのに必要なエネルギーは毎回同じなのに、その度に船が獲得する運動エネルギーは自乗で増えていくというカラクリが納得いかないということなんです。

ここで、ちょっと考えたことを書きます。

最初に石を発射したことで残りの石も船と一緒に1m/sの速度になります。
ここで次の石を発射すると最初の系から見たとき石の速度は99m/sとなります。
この差が船に余計な力を与えるのかと思いましたが、その差は微々たるものでとても船の運動エネルギーを3倍も増やすような力にはなりえませんでした。