色々調べ直した
前提知識として二次的な利用と二次創作は同じでは無い
FF14で例えると
・二次的な利用→スクリーンショットを加工して公開する事等、著作物を直接取り扱う場合
・二次創作→FF14の舞台や設定(著作物)を使って絵を描いたり小説を書く、一般的な二次創作のイメージ
著作物利用規約に書かれてあるのは前者の二次的利用の事であり二次創作物は該当しないものの
ソフトウェア使用許諾契約のページの一文より

『二次的著作物の権利保有
許可されているものか否かに拘らず、本ソフトウェア又は本ドキュメントから派生した二次的著作物は、すべてスクウェア・エニックス単独の独占的財産であることを認識していただき、そのことに同意していただきます。関連諸法令で最大限認められている範囲において、あなた自身によって又はあなたのために作成されたそれらの本ソフトウェアの二次的著作物（許可されているものか否かに拘らず）にかかる権利、権限の一切（日本リージョンにおいては日本著作権法第27条及び第28条に定める権利を含む）は、スクウェア・エニックスに対して取消し不可能な状態で譲渡されます。スクウェア・エニックスは、独自の判断により、あなたが所持又は管理している当該二次的著作物をスクウェア・エニックスに引き渡すこと、又は破棄することをあなたに要求する権利を留保しています。』

よって、二次創作は金銭的な問題に関わらずスクエニの判断により『二次著作物(二次創作物)の引渡しか破棄させられる可能性はある』という事になる
料理本はこの権利によって破棄させられた形になったと予想される
なので現段階では同人誌、DL販売、コミッションは規約違反ではないものの『二次創作物全て、いつでもスクエニに譲渡出来る』意識で活動する事が正しい認識だと思われる
間違ってたらソースと訂正お願いします