マンボウの水族館での飼育が難しい主な理由は泳ぎが下手なため自ら水槽の壁に体をぶつけて弱ってしまうこと、寄生虫が多いことなどである。
水槽内にビニールやネットの壁をめぐらせてマンボウを守るなどの対策が取られるようになったが、手で触ると手の跡がそのまま付くくらい皮膚が弱く、飼育が難しい事は変わらない。
また飼育下で大きく成長した個体は施設に限界があるため、標識をつけて大洋に再び放される事が多い。