前回までのあらすじ

突如深海から現れ、人類に襲いかかった謎の勢力「深海棲艦」。
通常の火器 はまったく通用せず、深海棲艦の脅威に対抗できるのは、艦艇の魂を宿した「艦娘」たちだけであった。
だが、勇猛果敢な艦娘たちがいかに奮戦しようとも、雲霞のごとく押し寄せる敵軍の侵攻を食い止めることはできず、
その圧倒的な物量差に押しつぶされるかのように、人類は敗走を繰り返していた。
この苦境を打破すべく必勝を期して臨んだマリアナ沖の戦いも、航空戦力で上回る敵艦隊の猛攻の前に大敗を喫し、残存戦力の編成が急務となっていた。
そして激しい戦いから数日、リンガ泊地の宿舎で姉妹とも別れ、傷ついた心と体を休めていた「時雨」のもとに新たな命令が下る。
今度の配属先は、戦艦「山城」を旗艦とする第二遊撃部隊第三部隊(1YB3H)。はたして、「時雨」たち1YB3Hに待ち受ける運命とは......。