> ! LaTeX Error: This file needs format `pLaTeX2e'
> but this is `LaTeX2e'.

これは j(s)article.cls や otf.sty のような pLaTeX を前提とした
クラスファイル・スタイルファイルを、欧文LaTeXで処理したときの
エラーメッセージです。JY1-gt などのエラーも原因は同じです。

私はTeXWorksを使っていないのでTeXWorksの設定はわかりませんが、
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?cmd=read&page=TeXworks%2F%E8%A8%AD%E5%AE%9A%2FWindows
「タイプセットの設定」というメニューはありませんか。そこが
pdfLaTeX になっているのでしょう。