>>366
新ユーザを作成して試してみた。
$ R --vanilla
[snip]
> install.packages("A3")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
install.packages("A3") 中で警告がありました:
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' は書き込み可能ではありません
Would you like to use a personal library instead? (y/n) n
以下にエラー install.packages("A3") :
パッケージをインストール出来ませんでした

以上により、.libPaths()[1]は、
ホームディレクトリのRディレクトリではなく、
/usr/local/lib/R/site-library であることが確認できた訳だけど、
「personal libraryを作る」に y と回答すれば、
確かに勝手にディレクトリを掘りそうだな。
拒否すれば勝手なことはされないけど。
拒否せずに許可するのが「普通」であれば、>>366 は正しいな。

$HOMEを汚されたくない人 (system-wideにしたい人）は、
/usr/local/lib/R/site-libraryにsetgidが立っているから、
このグループに自分のユーザ名を追加することだね。