magic commentって何？
もしかして
#%!uplatex
とかそういうの？ だとするとこれは処理系依存になっちゃうんじゃないかな。
起動時に「%&-line parsing enable」って出ないupLaTeX処理系も当然存在する訳だし
（なぜならわざわざ “enable” って言ってるから）
「暗箱状態を避ける為に処理系依存な方法に頼る」ってのは本末転倒な気がする。