悪玉菌の代表格は、大腸菌、ウェルシュ菌、ブドウ球菌、ETBF菌などがあり、これらが増殖すると、腸内が腐敗し、硫化水素やアンモニアなどの臭気がある有害物質が作り出される。便やおならが臭いのは悪玉菌が増殖しているためで、このような状態では便秘も悪化する。